Antigamente chamadas algas azuis , as cianobactérias podem ser de diferentes cores, desde verde-azulado até marrom-avermelhado. Os pigmentos fotossintetizantes são clorofila a, ficoeritrina (pigmento vermelho) e ficocianina (pigmento azul). Algumas cianobactérias possuem também clorofila b. As cianobactérias são encontradas em diferentes tipos de ambientes e muitas espécies são resistentes à dessecação , ficando dormentes nos períodos de seca. Podem-se encontrar cianobactérias entre cristais de gelo , em águas aquecidas de fontes termais da superfície do planeta em temperaturas de até 70¤C. Recentemente as cianobactérias foram reconhecidas como fonte potencial para numerosos produtos biologicamente ativos, como os de uso farmacológico com atividade citotóxica, antifúngica , antibacteriana, antivirótica, imunossupressora e antitumoral. A boroficina , a criptoficina e a cianovirina são exemplos desses substâncias; as duas primeiras estão sendo testadas contra o câncer , e a última, contra a AIDS. Várias cianobactérias produzem toxinas - em geral , hepatotoxinas e neurotoxinas- quando elas exibem as chamadas "florações" , isto é, aumentam rapidamente em número em uma determinada época. Se ingeridas , essas toxinas podem causar a morte de animais e seres humanos.
