Em 1831 Darwin iniciou uma viagem , que duraria quase cinco anos , a bordo do navio inglês HMS Beagle em direção à America Do Sul , indo depois para Nova Zelândia e para a Austrália. Darwin esteve no Brasil por duas vezes , nos trajetos de ida e de volta de sua viagem de cinco anos . Passou por Fernando de Noronha , Salvador , Recife , Abrolhos e Rio de Janeiro . Ficou fascinado com a exuberância da floresta tropical, mas chocado com a escravidão. Na Argentina , Darwin encontrou fósseis de animais gigantescos , semelhantes a preguiças e tatus , que ele não soube identificar com segurança. Enviados a Londres , os fósseis foram analisados por outros cientistas , que identificaram semelhanças entre eles e os tatus e preguiças atuais. Isso fez com que Darwin se perguntasse por que os fósseis dos animais gigantes estavam nos mesmos lugares onde, no presente, podiam ser encontrados seus semelhantes em escala reduzida. A explicação poderia estar na formação das espécies a partir de ancestrais comuns por meio da descendência com modificações. Darwin observou também que um mesmo tipo de animal mostrava diferenças de acordo com a região onde era encontrado: Por exemplo, a ema encontrada ai norte da Patagônia era uma pouco diferente da ema encontrada do sul da Patagônia. Darwin passou quatro semanas no arquipélago de Galápagos , um conjunto de ilhas no oceano Pacífico , a cerca de 970 quilômetros da costa ocidental da América do Sul, e observou que lá havia vários animais que não existiam em nenhum outro lugar, como Iguanas marinhas , tartarugas de grande porte e algumas espécies de aves , como os pássaros do grupo dos fringilídeos , que ficaram conhecidos como tentilhões de Darwin. Durante a visita às Ilhas, Darwin não deu muita atenção a essas aves , que se diferenciavam principalmente pelo tamanho e formato do bico. Só começou a pensar a respeito quando retornou à Inglaterra e, consultando especialistas , descobriu que elas eram de espécies diferentes.
Darwin notou que as diferentes espécies de tentilhões do arquipélago eram muito parecidas com outra espécie da mesma ave que vivia no continente vizinho, cujo clima e outras condições ambientais eram diferentes daquelas existentes nas ilhas . Supôs , então, que , ao contrário do que pensavam os fixistas , as espécies do arquipélago não deveriam ter surgido nas próprias ilhas e permanecido imutáveis , mas teriam "evoluído" de espécies provenientes do continente , o que explicaria a semelhança entre elas. Ao longo do tempo , essas espécies teriam se adaptado às condições do ambiente , por exemplo, o formato do bico estaria adaptado ao tipo de alimentação disponível no local ocupado por elas. Recapitulando : por que as ilhas do arquipélago , que apresentavam solo e clima muito semelhantes , não tinham a mesma flora e a mesma fauna ? Porque elas apresentavam flora e fauna muito mais parecidas com as existentes nas regiões continentais vizinhas do que parecidas entre si? E porque , como Darwin teve a chance de observar , havia duas espécies de ema em regiões tão próximas da América do Sul ? Era difícil responder a essa e outras perguntas com base no fixismo. No entanto, era possível respondê-las caso admitisse que as espécies semelhantes seriam descendentes de uma espécie ancestral comum, existente no passado e teriam surgido de uma série de modificações. Essa é a ideia de descendência com modificação a partir de um ancestral em comum , defendida por Darwin. Vejamos um exemplo dessa ideia , de descendência com modificação , em primatas , grupo que inclui seres humanos . Estudos comparativos de anatomia , fisiologia e desenvolvimento embrionário , além de analises comparativas de DNA , indicam que os chimpanzés (anto o chimpanzé comum como o chimpanzé pigmeu ou bonobo) são os parentes evolutivos mais próximos do ser humano. Isso não quer dizer que a espécie humana descende dos chimpanzés, mas que ambas as espécies (humanos e chimpanzés) descendem de uma espécie ancestral, que não existe mais.
Essas relações podem ser representadas por um esquema . conhecido como árvore filogenética. Supõe-se que á milhões de anos (possivelmente em torno de 6 milhões de anos atrás), a partir de um ancestral comum teriam surgido , por evolução , duas linhagens : a que originou a espécie humana e a que originou os chimpanzés . Da mesma forma, recuando ainda mais no tempo (possivelmente cerca de 8 milhões de anos atrás), encontraríamos um ancestral comum à espécie humana , ao chimpanzé e ao gorila . E assim , recuando sucessivamente , veríamos que todos os primatas existentes estão relacionados entre si . e se diferenciaram pelo processo evolutivo. chimpanzés são parentes evolutivos mais próximo da espécie humana porque o ancestral comum e exclusivo de ambas as espécies isto é, que não é ancestral de outros primatas) é mais recente do que o ancestral que a espécie compartilha com os gorilas ou com outros primatas.
